自然污染是自然界的习见现象，在现代工业出现之前是水质污染的主要原因：特殊的地质条件使某些地区某种化学元素大量富集而污染水体（如某些地区地下水与泉水中氟含量过高导致居民患斑釉症）；火山喷发可使局部环境汞含量大大增加；干旱地区的风蚀作用产生灰尘转入水体造成污染；河口地区海水对淡水的侵入也属于自然污染。
